1949年4月、5月，南京、上海相继解放，一个人民的新中国诞生在望。6月12日至18日，C.S.C.A.在美国东部新泽西召开的夏令会，和以后在芝加哥邓肯营召开的有144人与会的中西部夏令会，都以“我们对新中国的信念与行动”(Ourfaith　and　action　toward　a　New　China)为会议的主题。参加者热烈交流了国内的情况，研讨今后的方向。普遍反映了这样的信念:新政府和反动政府相反，是代表人民和为人民服务的进步的政府，我们回去是学有所用的。大家以主人翁精神对祖国建设研讨，表现了关切、反思和行动的抉择。夏令会因参加人数众多而分为“生产建设”、“文化教育”两方面的四个小组进行讨论。大会开始时，由三位同学分别作了“军事政治”、“生产建设”及“文化教育”三个报告。讨论过程生动活泼，如生产建设组，对新中国建设中外援和自力更生的关系进行了探讨。一致的看法是:我们欢迎外援，但以平等互惠为原则。对农业增产问题也有很多讨论。在文化教育方面，对过去教育的失误和未来教育究竟应重普及还是提高，也有热烈的讨论。大家最后达成一致的意见是:一切应贯彻实事求是的原则，不但在文教方面应吸收过去因脱离人民而失误的经验教训，在科学技术方面，也应根据中国的实际加以应用。

　　在中西部的夏令会中，还介绍了国内的工商业政策、土地改革政策、文化教育政策等。

　　几年之中，由于北美基督教中国学生会的活动有多样、广泛和自我教育、内容丰富等特点，也为留美中国科学工作者协会的发展创造了条件。许多学习自然科学的同学参加了C.S.C.A.的爱国活动。该会东部和中西部地区的工作负责人，也参加了留美科协的创立和各地分会的活动。两大团体实际上起着相互支援和促进的作用，显示了留美学生爱国团结的力量。

　　1949年夏，美国各地的中国留学生，包括两个团体的主要成员，抗议国民党空军驾美国飞机轰炸上海。威斯康星大学唐孝宣、童志鹏等21位中国留学生在7月底联名写信给《威斯康星州报》，内容是:“国民党空军在6月29日以B－24、B－25飞机轰炸了上海北区的平民区，造成至少150死亡，400人受伤，2000多人失去家园。这是极其残忍和不人道的。而美国所提供的飞机、炸弹和空军训练，只能是在亿万中国人民中制造仇恨。为了我们中美两国人民的传统友谊，我们强烈呼吁美国立即停止对国民党的军援。”《威斯康星州报》刊出了这封信。在波士顿，有几十名中国留学生联名写了抗议信，在《波士顿环球报》上发表。在明尼阿波利斯，当地中国同学会和C.S.C.A.联名发表了抗议信。在纽约，哥伦比亚大学中国同学会，发表了抗议蒋介石以美制飞机轰炸上海的声明，声明在纽约出版的《华侨日报》上刊出。

　　1949年9月11日至14日，北美基督教中国学生会的全国会议在中西部召开。新中国的成立，使得留学生们感到了极大的鼓舞。在纽约的中国留学生团体，有新文化学会、C.S.C.A.支会和留美科协分会等四个团体，联合在国际大厦召开了庆祝中华人民共和国成立的大会。同年12月26日至29日，东部分会召开了冬令退修会，与会的83人，除纽约地区和费城地区来的外，波士顿地区各大学的中国留学生参加的也很多。他们交流了国内的最新消息，通过介绍国内亲友和已回国同学的来函，了解新中国对知识分子、留学生的政策，也研讨了留学生如何发挥才能为祖国服务。有62人参加的中西部退修会，也在密歇根召开。

　　1950年春，中西部分会又召开了冬令会，东部分会的冬令会在4月召开。会上的研讨集中在三方面的问题:一是“新中国的建设”。交流各自所学与关心的专业在国内建设的现况、未来方向及我们的意见。二是“我们的学习”。交流各自来美学习的目标与要求，在美的学习内容如何与祖国发展需要相适应等。三是“回国问题”。交流了不同想法、打算，探讨按哪些原则来确定为好。这几个问题，都关系到祖国和个人的事业，因此引发了热烈的讨论，取得了非常有价值的相互启发的效果。

　　留美学生回国的势头从1949年10月中华人民共和国成立后，明显加大了。1950年上半年进入了高潮。当年暑假，东部与中西部夏令会，就以大家关心的“去建设一个新的中国”(To　Construct　a　New　China)为主题，先后召开。

　　在东部夏令会的自由讨论中，有人提出这样一个疑问:“根据现在公认的观点，中国有煤，但并无多少石油。没有石油，就难以有工业化，不能发展汽车、航空、公路交通等现代化设施，中国又怎能现代化？”讨论之中，一位同学分析得好:第一、由于中国的落后，至今并没有进行过真正大规模的科学勘探，中国地域广大，何以知道就没有蕴藏的石油？第二、“中国贫油化”正是适合外国石油大王长期垄断我国市场、掠夺中国人民高额利润的需要。他们并不希望中国有自己独立的石油工业。第三、最重要的是，我们的科学家应下决心在新中国的建设中从事艰苦的科学实践和研究，去发现沉睡的资源，中国现代化的建设是一定能实现的。对于文化建设，曾有这样的问题:我们在美所学的，回国是否能被接受？讨论中认为:我们学习西方的文化、艺术等，是可以也应该同中国的现实、人民的要求以至民族的优秀传统相结合，然后再产生更大的活力和创造力。同学们还举例说，冼星海创作的《黄河大合唱》就是明证。

　　1950年前后回国的众多留学生搭乘的轮船是威尔逊总统号和克利夫兰总统号，这两艘船往来于美国和香港(再由香港乘船到天津或广州)，航程近一个月。据不完全统计，从1949年9月起至1951年6月美国当局禁止中国留学生回国止，约有20批留学生回国，每批的人数从数十到一百数十人不等。

　　回国留学生们在船上组织成团体，开展自我服务并维护回国权利。如1950年8月的一批130多人回国同学，其中有C.S.C.A.及科协的负责工作者，如唐孝宣、涂光炽、涂光楠、张增年以及知名科学家邓稼先、赵忠尧等。他们组织了“威尔逊号回国中国留学生联谊会”。船到日本，美国当局仍未放弃对回国学生的追踪与压迫，将物理学家赵忠尧等三位科学工作者逮捕，关押在日本。该船的同学到达广州后，旋即发表“广州声明”对美国当局表示了严正的抗议。

　　1959年9月开出的克利夫兰总统号，有90多位中国同学，包括C.S.C.A.以及科协的成员，如冀朝铸、王曾壮、张元一、张庆年等。当年的《人民画报》曾刊出此批回国留学生的回忆文章和照片。冀朝铸在回忆录中写道，由英方警察押送，过了罗湖桥头，踏上新生祖国大地时，他激动得难以自制，匍匐亲吻土地，喃喃自语:“祖国，母亲，我回来了！”

　　1950年朝鲜战争爆发，9月15日美军在仁川登陆，10月份中国人民志愿军入朝，抗美援朝战争打响。美国国内的反华气氛激升，迫害一切进步力量的麦卡锡主义也抬头。美国当局开始对参加爱国活动的中国留学生施加压力。《纽约时报》记者詹姆斯当时发表一篇报道称:美国国务院与司法部对中国留学生采取什么政策，是让中国留学生到期都走，还是给予资助，不让他们回新中国，还有争议。但他们都认为留学生参加的C.S.C.A.和留美科协两个组织属“颠覆性组织”。各个学校的留学生顾问也都召集中国留学生谈话，宣称中国留学生若留在美国学习是欢迎的，但参加外面的活动要注意，若参加左的组织，就不能允许，不予保护。

　　实际上，美国国务院和司法部对中国留学生都采取施压和限止的措施。各地移民局找中国留学生谈话，追究他们的政治态度和参加的爱国活动。美国联邦调查局特工也出动，对一些留学生进行恐吓。国务院则中止了一些留学生的ECA款(1949年初，随国内形势发展，南京政府停止向国外留学生提供“官价外汇”，留美学生收不到家中汇款，断绝了国内经济来源，出现困境。美国国务院制订了“紧急援华款项”即ECA，即以“庚子赔款”继续资助留美中国留学生，对留学生普遍提供留学之需)。有的留学生被移民局强令逐出境或限止行动自由，有的(主要是科技专家)则被禁止离境。

　　在所谓“颠覆性组织”罪名的压迫下，1951年初夏，C.S.C.A.联合东、中、西三个分会的负责成员，集会商议，为了保护团体会员们的平安，不得不宣布自行解散，并慎重地发出告同学书。留美科协也宣告自行解散。

　　1954年日内瓦国际会议召开，以周恩来总理为首的中华人民共和国代表团出席。我大使在和美方的会谈中，抗议美国政府无理禁止我国留学生回国，揭露了美方以罚款及徒刑威胁我留学生的事实。1955年，中美大使又多次交锋，使美方代表无法抵赖和辩解，终于就遣返侨民问题达成协议。双方承认，在各自国家的平民，享有回国权利。坚冰终于打开。1955年，黄葆同、李恒德、王祖耆等一批原两个留学生团体的主要成员，首先成行回国。接着，钱学森也走上归途。此后几年，都有陆续学成回国的留学生。他们回国以后，都投身各项事业，做出了各自的贡献。